在合金弹头1代中,单人通关和双人通关竟然有着截然不同的结局。当玩家选择双人通关时,他们将迎来一个HAppYEND,并且敌方首领也能幸免于难。而当玩家完成单人通关后,则会面对BADENG结局,视角紧随一架纸飞机飞越战火纷飞的战场,目睹了战争带来的巨大破坏。
最后画面呈现出一个小女孩在为阵亡士兵(可能是她亲人)祈祷悼念,在大风中她的帽子被吹走,并出现了“永不再有战争”的字幕。从这个游戏结局可以看出,《合金弹头》并非仅仅是一款射击游戏那么简单,它蕴含着对于战争的深刻痛恨以及对和平美好未来的渴望(该游戏于1996年发售时正值台海危机)。在后续作品中,这位小女孩还以幽灵形式再次出现,劝诫主角们避免前往危险之地。