《孤岛惊魂5》有两个不同的结局,一个是离开,另一个是对抗。
1、离开。这个结局被认为是剧情中最明智的选择,但也是体验最差的结局。警长在车上告诉主角和其他两人回去找一群民国兵再次进攻希望镇,并没有履行与圣父的承诺。在途中,老警长打开了收音机播放《onlyyou》,导致主角发疯并误杀了车上的三人。这个结局更贴近现实生活,“即使玩家手握王牌,并不意味着玩家能笑到最后。”
2、对抗。这个结局可以让玩家体验更多剧情内容。主角与圣父展开对抗,圣父触发了导弹攻击。在四人一起驾车前往地堡的过程中,会遇到意外事件。在车祸中圣父却毫发无损地将玩家救出并瞬间传送至地堡内部,并洗脑告诉玩家所有事情都是可预见的。主角成为了圣父的信徒。